Investigadores han estudiado 11 genomas y 92 transcriptomas. Han podido comprender las bases de la diversidad de plantas. Han trabajado con grandes cantidades de datos.
Flor macho de la Amborella trichopoda, encontrada en Nueva Caledonia; se separo de otra especie hace 130 millones de años.Joel McNeal
Un proyecto llamado 1000 plantas (1KP), que ha evaluado las hipotesis clasicas de la clasificacion de las plantas, ha generado un conjunto de datos de 852 genes nucleares. Los investigadores mantienen que el procesamiento de estos macrodatos ofrece una nueva base para estudiar la evolucion vegetal.
Un consorcio internacional de investigadores en el que ha participado el CSIC ha estudiado 11 genomas y 92 transcriptomas de plantas. Los resultados, el conjunto de datos mas grande de este tipo generado hasta la fecha en plantas, se han publicado en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Esta gran matriz de datos ha permitido ver que, en contra de la hipotesis mas aceptada hasta ahora, existe un estrecho parentesco entre las plantas terrestres y un grupo de algas verdes llamadas algas conjugadas, segun informa el CSIC.
Ademas, tambien se han descubierto importantes pistas sobre el proceso de divergencia de los linajes de las plantas terrestres: segun los nuevos datos, las plantas hepaticas son el grupo hermano de los musgos, en lugar de serlo del resto de plantas con flores.
Cono macho de la planta gimnosperma Welwitschia mirabilis, originaria del desierto de Namibia
Grandes cantidades de datos
«En comparacion con otros organismos, el genoma de las plantas es desproporcionadamente grande. El ADN humano contiene algo mas de 3.000 millones de pares de bases mientras que el un pino cualquiera tiene alrededor de 20.000 millones de pares de bases, ha explicado la investigadora del CSIC Lisa Pokorny, del Real Jardin Botanico.
Por eso en este proyecto secuenciamos transcriptomas, las regiones del ADN que despues se traducen a ARN, como los genes que despues dan lugar a proteinas, en lugar de secuenciar genomas completos», ha matizado Pokorny.
El problema al que se han enfrentado los investigadores de 1KP es que procesar el volumen de datos resultante de dichos transcriptomas requiere una gran capacidad computacional.
«Cuando trabajas con 852 genes nucleares tu matriz de datos es inmensa y los metodos estadisticos desarrollados hasta ahora se quedan cortos. Como resultado de esa necesidad, a lo largo de este proyecto han surgido nuevos metodos que podran ser empleados en el futuro para lidiar con volumenes de datos comparables», ha añadido Pokorny.
El Sphagnum moss es una planta briofita que representa a algunas de las plantas terrestres mas antiguas.
Claves de la evolucion
El estudio del transcriptoma aporta informacion sobre los genes que el ancestro de las plantas terrestres tuvo a su disposicion en la transicion del medio acuatico al medio terrestre en la Tierra.
Esos genes suponen la clave de su supervivencia en un medio sin humedad constante, bajo las radiaciones solares y donde la gravedad limita el crecimiento.
«El transciptoma nos permite, ademas, arrojar luz sobre el ‘abominable misterio de Darwin’. Podemos comprender como, en relativamente poco tiempo a escala geologica, en apenas unos cuantos millones de años, se sentaron las bases que dieron lugar a la enorme diversidad de plantas con flores que habitan nuestro planeta, y en las que seguimos encontrando infinitos compuestos con aplicaciones medicas, agricolas, etc. Pero nada de esto se puede hacer sin comprender como las plantas se relacionan entre si, sin conocer su clasificacion», ha concluido la investigadora.